Από τις 17 Σεπτεμβρίου ακολούθησε και η πολύμηνη πολιορκία της Αμμοχώστου, που έναν χρόνο αργότερα, στις 9 Αυγούστου του 1571 παραδόθηκε τελικά στην οθωμανική κυριαρχία μετά από πολυήμερες φρικτές σφαγές και νέες μεγάλες λεηλασίες. Η οθωμανική κατοχή της Κύπρου διήρκεσε από τότε ως και το 1878.
Η κατάληψη της Κύπρου και η οθωμανική βαρβαρότητα που στιγμάτισε εκείνα τα γεγονότα έδωσαν το έναυσμα για την σύσταση μιας αποφασιστικής συμμαχίας των ευρωπαϊκών, χριστιανικών δυνάμεων ενάντια στην ισλαμοκρατία.

Lega Santa
Η Ιερά Συμμαχία (Lega Santa) δημιουργήθηκε με πρωτοβουλία του Πάπα Πίου του Ε’ και την συνδρομή κυρίως των κορυφαίων ναυτικών δυνάμεων των Ισπανών και των Βενετών. Τον συμμαχικό στόλο συμπλήρωσαν δυνάμεις της Γένουας, των Ιπποτών της Μάλτας, του δουκάτου της Σαβοΐας, του δουκάτου του Ουρμπίνο και του μεγάλου δουκάτου της Τοσκάνης. Πέρα από τους επιμέρους ναυάρχους, γενικός επικεφαλής του ενωμένου στόλου τέθηκε ο 24χρονος τότε Δον Ιωάννης της Αυστρίας.
Οι στόλοι συγκεντρώθηκαν στη Μεσσήνη της Ιταλίας και απέπλευσαν από εκεί για τα ελληνικά ύδατα στις 17 Σεπτεμβρίου για να συναντήσουν τον οθωμανικό στόλο. Μιλώντας με αριθμούς, οι συμμαχικές δυνάμεις αριθμούσαν 212 γαλέρες και δύναμη πεζικού περίπου 28.000 ανδρών (Ισπανούς, Γερμανούς, Κροάτες, Ιταλούς μισθοφόρους και Βενετούς).
Ο οθωμανικός στόλος από την άλλη αποτελούνταν από 222 πολεμικές γαλέρες, 56 γαλιότες και μερικά μικρότερα πλοία, ενώ το ανθρώπινο δυναμικό του αποτελούταν από 34.000 στρατιώτες και 13.000 έμπειρους ναυτικούς, μεταξύ των οποίων και Έλληνες. Επικεφαλής ήταν ο Μουεζίν-ζαντέ Αλή πασάς σε συνεργασία με τον Αιγύπτιο Μεχμέτ πασά Σιρόκο και τον Ναπολιτάνο αρνησίθρησκο μπέη του Αλγερίου Ουλούτζ Αλή πασά.
Στον δρόμο τους από την Κωνσταντινούπολη ως το Ιόνιο, οι Οθωμανοί σταμάτησαν για λεηλασίες και “υπενθυμίσεις κυριαρχίας” σε νησιά των Κυκλάδων, όπως η Νάξος, η Μήλος, η Άνδρος, επιτέθηκαν στο Ρέθυμνο της Κρήτης και μετά στα Κύθηρα, ενώ επόμενα χτυπήματά τους στη Ζάκυνθο, την Κεφαλλονιά και την Ιθάκη δεν είχαν επιτυχία.
Έκβαση της Ναυμαχίας
Με την καθοδήγηση Ελλήνων πλοηγών τα ισπανικά πλοία του Gil de Andrade έφτασαν πρώτα στην Κεφαλλονιά στις 5 Οκτωβρίου και ακολούθησε και ο υπόλοιπος συμμαχικός στόλος. Τα ξημερώματα της 7ης Οκτωβρίου οι Οθωμανοί έφτασαν στον Κορινθιακό Κόλπο και λίγες ώρες αργότερα ξεκίνησε η μάχη.
Μια μάχη σφοδρή με τις δύο πλευρές να συγκρούονται με μανία από κατάστρωμα σε κατάστρωμα και σώμα με σώμα. Οι χριστιανοί σύμμαχοι έπεσαν σ’ αυτή τη μάχη με έκδηλη αποφασιστικότητα και με ισχυρή ανάγκη να εκδικηθούν για την αιματηρή κατάληψη της Κύπρου, αλλά και την γενικότερη οθωμανική υποδούλωση των εδαφών τους.
Μια καθοριστική στιγμή που ανέβασε το ηθικό των συμμάχων και σκόρπισε πανικό στις επάλξεις των Οθωμανών ήταν ο θάνατος του επικεφαλής Μουεζίν-ζαντέ Αλή πασά μετά την κατάληψη της δικής του ναυαρχίδας. Σύντομα αναγκάστηκαν σε οπισθοχώρηση και οι υπόλοιποι πασάδες με τα τελευταία πλοία που τους είχαν απομείνει.
Η νίκη των συμμαχικών ευρωπαϊκών δυνάμεων ήταν συντριπτική και καθοριστική στην παγκόσμια ιστορία. Μπορεί να ήρθε λίγο αργά για να αναιρέσει την κατοχή της Κύπρου, όμως αποτέλεσε αφετηρία νέων επαναστατικών δράσεων των υπόδουλων λαών της Βαλκανικής χερσονήσου (με την ελπίδα της βοήθειας των ευρωπαϊκών δυνάμεων, που όμως τελικά δεν ήρθε ποτέ όπως την περίμεναν).
Οι απώλειες του χριστιανικού στόλου ήταν περίπου 10.000 νεκροί και καταστράφηκαν μόλις 15 από τα ευρωπαϊκά πλοία. Από την άλλη, οι Οθωμανοί γνώρισαν ισχυρή καταστροφή. Περίπου 30.000 άντρες σκοτώθηκαν στη μάχη και άλλοι 15.000 πιάστηκαν αιχμάλωτοι, ενώ έχασαν τον αρχηγό του στόλου Μουεζίν–ζαντέ Αλή πασά και τον Μεχμέτ πασά Σιρόκο μεταξύ άλλων. Μόλις 40 από τα πλοία τους κατάφεραν να διασωθούν, ενώ περίπου 117 από αυτά κατασχέθηκαν από τους Χριστιανούς της συμμαχίας. Μια κακοκαιρία στην θάλασσα καταπόντισε και τα υπόλοιπα πλοία που είχαν βγει στα ανοιχτά, εκτός από την αλγερινή ναυαρχίδα.
Όπως έγραψε ο Μιγκέλ Θερβάντες, που πολέμησε γενναία στη ναυμαχία τραυματίζοντας σοβαρά το αριστερό του χέρι: “Την ημέρα εκείνη διαλύθηκε σε όλο τον κόσμο η πεποίθηση πως οι Τούρκοι ήταν αήττητοι”.
Η Ναυμαχία της Ναυπάκτου σήμανε την αρχή του τέλους σταδιακά της ισλαμικής κυριαρχίας στις χριστιανικές χώρες, ενώ έβαλε τέλος και στις αξιώσεις της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας να επεκταθεί στον Ατλαντικό.

Η ελληνική συμβολή
Για τους Έλληνες η επικράτηση των χριστιανικών δυνάμεων στην επίμαχη ναυμαχία ήταν σίγουρα ένα ιδανικό σενάριο στα πλαίσια της επαναστατικής τους διάθεσης απέναντι στους Οθωμανούς κατακτητές.
Ανάμεσα στα βενετικά πολεμικά πλοία υπήρχαν αρκετά που εξοπλίστηκαν και διοικούνταν από Έλληνες της Βενετίας, ενώ γαλέρες και έμπειροι πλοίαρχοι προσφέρθηκαν και από την Κέρκυρα (Χριστόφορος Κοντοκάλης, Πέτρος Μπούας, Γεώργιος Κοκκίνης, Στέλιος Χαλκικιόπουλας), την Ζάκυνθο (Αντώνιος Κουτούβαλης, Νικόλαος Μονδίνος, Δημήτριος Κομούτος, Μαρίνος Σιγούρος) και κυρίως από την Κρήτη (18 γαλέρες εξοπλισμένες από την περίφημη οικογένεια Καλλέργη και Μανούσου Θεοτοκόπουλου). Στον συμμαχικό στόλο βρέθηκαν πολλοί Κεφαλλονίτες, Κυθήριοι και Κυκλαδίτες ως εθελοντές.
Αρκετοί Έλληνες υπήρχαν επίσης και στον οθωμανικό στόλο, που είτε είχαν στρατολογηθεί από τον Σελίμ Β’ είτε βρισκόντουσαν εκεί ως σκλάβοι. Όπως καταγράφηκε από μαρτυρίες ευρωπαίων συμμάχων, οι Έλληνες στα οθωμανικά πλοία κατέστρεφαν τα κατάρτια με τα σπαθιά που τους είχαν δώσει οι Τούρκοι και αγωνίστηκαν με αποφασιστικότητα και τόλμη βοηθώντας σημαντικά στην έκβαση της ναυμαχίας. Όταν μάλιστα, επιζώντες Οθωμανοί βρέθηκαν στις ακτές της Αχαΐας και της Αιτωλίας, οι ντόπιοι Έλληνες, που διατηρούσαν την κυριαρχία της περιοχής, τους σκότωσαν.
Περίπου 8000 Έλληνες έχασαν τη ζωή τους στην Ναυμαχία της Ναυπάκτου και από τις δύο πλευρές, ενώ τουλάχιστον 10.000 χριστιανοί υπόδουλοι του οθωμανικού στόλου απελευθερώθηκαν από τους συμμάχους.
Η Ελλάδα θεωρούσε πως η νίκη στη Ναυμαχία της Ναυπάκτου θα άνοιγε πλέον τον δρόμο για την αποτίναξη του οθωμανικού ζυγού, αφού αυτός φαινόταν να είναι ο στόχος και των ευρωπαϊκών κρατών. Βοήθεια από εκείνους όμως δεν ήρθε ποτέ και παρά τις αποφασιστικές τους προσπάθειες οι Έλληνες δεν κατάφεραν τότε να αποτινάξουν τον οθωμανικό ζυγό, ενώ η συνθήκη ειρήνης του 1573 μεταξύ Βενετών και Τούρκων ισοπέδωσε τις επιδιώξεις τους.
____________________________________
Η επιτυχία πάντως του χριστιανικού συμμαχικού στόλου ήταν ιστορική και η έκβαση της Ναυμαχίας της Ναυπάκτου γιορτάστηκε σε ολόκληρη την Ευρώπη και αποτυπώθηκε και σε έργα τέχνης.
Η συγκεκριμένη μάχη άνοιξε μάλιστα μια νέα σελίδα στον τομέα της ναυπηγικής εισάγοντας την χρήση ιστιοφόρων πολεμικών πλοίων, που αντικατέστησαν τα ως τότε κωπήλατα. Τους επόμενους πέντε αιώνες τα δίκροτα και τρίκροτα ιστιοφόρα πλοία μεσουράνησαν στις θάλασσες της Ευρώπης και των Βαλκανίων μέχρι αργότερα να δώσουν τη θέση τους στα ατμοκίνητα.